为了能很好的进行医疗废水处理或污泥中的病原体或使之灭活而进行的处理过程。分为废水消毒和污泥消毒。

　　医院废水处理主要是消毒，即杀灭病原体。提醒医院废水的水质十分复杂，一般随着用水量的加大，相应的污染物浓度也越来越高，医院废水处理流程应尽可能设调节池，调节池不但可以调节水量，消灭高峰负荷，并可以调节水质，使其处理效果不会因水质变化而受到干扰二氧化氯消毒剂的投加点一般选择在调节池之后。浮选沉淀后经消毒池(由二氧化氯混合发生器制备的消毒剂)进行消毒后，达标排放。自发浮选沉淀池的剩余污泥排入调节池，调节池和接触氧化池的污泥打入污泥消化池进行好氧消化处理可达标排放。

　　废水经提升后进入混凝沉淀池进行混凝沉淀，沉淀池出水进入接触池进行消毒，接触池出水达标排放。调节池、混凝沉淀池、接触池的污泥及栅渣等废水处理站内产生的垃圾集中消毒外运。

　　医疗废水处理的基本方法有三类：物理法和化学法。物理法主要是针对医院废水进行沉淀、分离等操作，这样的操作并不能达到消菌的目的,但能为后续的消菌处理的操作降污染负荷。生化法是将废水和微生物混合与接触，利用微生物自身发生的生物化学等作用对废水进行分解。